行政長官根據《澳門特別行政區基本法》第五十條（五）項，並根據澳門特別行政區第11/1999號法律第三十條規定，經徵詢行政會的意見，制定本行政法規。
審計署部門，為一具有職能、行政、財政及財產自治權的部門，並應確保對澳門特別行政區第11/1999號法律所設立的審計署執行其職責時提供所需的技術及行政輔助。
* 已更改 第17/2000號行政法規
一、賦予審計署的行為及措施是由審計長，或為此目的而被承認的審計署部門人員行使。
二、審計對象不得對審計署所作的審計報告及因撰寫報告所作相關工作提起上訴，但可向審計長提出聲明異議。
一、審計署部門由審計長領導，審計長可將其權限授予其他審計人員。
二、作為審計署部門領導機關的審計長，尤其有下列權限：
（一）訂定審計署部門的工作方針及內部運作規則；
（二）採取措施以編制澳門特別行政區第11/1999號法律第十條及第十一條所指的審計報告。
一、在審計長之下，審計署部門下設三個一般事務局，分別由一名局長及兩名首席審計師執行其職責：
（一）綜合事務局；
（二）第一審計局；
（三）第二審計局。
二、在不妨礙上款規定的情況下，具備認可資格的專家可以技術顧問的身份在審計署部門工作，而其任職條件及報酬以合約方式訂定。
三、審計署為進行技術性與臨時性研究及工作，得在例外情況下與公共或私人實體訂立合同。
一、綜合事務局有權限確保審計署的行政及財政事宜的管理、專業技術的研究及應用、人員的專業培訓及交流、資訊科技的應用及資訊系統的開發和管理、提供專業的翻譯服務以及管理刊物的編輯、印刷及發佈之事項。
二、綜合事務局下設有綜合支援廳和行政暨財政處。
三、綜合支援廳的權限為：
（一）協助研究及訂定為達至既定審計政策的措施，尤其審計檢定準則及有效的工作程序；
（二）協助研究及訂定年度活動計劃；
（三）研究發展電腦審計工作；
（四）應審計長的要求，就審計署各部門所完成的各項報告進行品質保證檢討；
（五）根據審計長訂定的規定，開展內部的專業培訓課程及協助參加澳門特別行政區內外的部門或同類實體的專業培訓課程；
（六）開發合理的信息網絡系統，建立能貫徹審計署職責的合適的自動及電腦化資訊處理系統；
（七）統籌資訊設備的配置及其管理；確保設備及應用程序的良好運作，並監察其使用情況；
（八）訂定確保資訊保密所需的安全規定，管理所有使用者獲得資訊的密碼；
（九）研究保存資料檔案的最佳方法，建立資訊化的資料數據庫，並確保必要的保密措施及其證明能力；
（十）建立及組織文獻資料庫，收集並分類保存對審計署工作有用的刊物和各種形式的訊息媒體；
（十一）研究及建立中央檔案室，有系統地保存各類已歸檔的資料，並使其資訊化，及根據法律規定銷毀保存的檔案；
（十二）協助審計署各種內部及公開報告的編輯、翻譯、印刷及發佈工作；
（十三）為審計署其他部門提供被視為必不可缺的翻譯工作；
（十四）確保與設於澳門特別行政區內外的部門或同類實體的聯繫，並促進科學與技術資訊的交流。
四、綜合支援廳設有研究處和技術支援處。
（一）研究處負責行使上款（一）項至（五）項的權限；
（二）技術支援處負責行使上款（六）項至（十四）項的權限。
五、行政暨財政處的權限為：
（一）確保審計署人力資源管理、人事檔案、公文往來、公物財產及總務方面的行政工作；
（二）編製年度預算及確保在遵守公共會計的規定下執行有關預算；
（三）按現行法律規定組織及操作會計系統，並編制各項必須的報告及帳目；
（四）取得對審計署運作所必要的資產及勞務，安排為此而進行的招標及諮詢活動。
第一審計局的權限為：
一、透過對所申報的帳目及其他依法可獲得的資料，審核及審計澳門特別行政區政府非財政自治部門的預算執行情況和決算，及預算外資金的管理和使用情況。
二、為執行其職務，在審計長授權下：
（一）有權要求審計對象的部門首長或任何人員作出解釋，或提供適當的資料；
（二）有權要求審計對象按照規定報送預算或財務收支計劃、預算執行情況、決算、財務報告，社會審計機構出具的審計報告，以及其他與財政收支或財務收支有關的資料；
（三）有權安排翻查任何審計對象的任何簿冊、文件或記錄，並取其摘錄，而無須繳付任何費用；
（四）有權取得任何審計對象的人員所管有的所有記錄、簿冊、憑單、文件、現金、收據、印花、證券、物料及任何其他政府財產。
三、透過專項審計，對澳門特別行政區政府非財政自治部門在執行職務時所達到的節省程度、效率和效益進行審查。
四、為執行其職務，審計署根據被審計項目的成果，對相關的審計對象進行審計，查核其在公共資源投入與工作產出之間的平衡及適當程度。為此，在審計長授權下：
（一）有權查核有關審計對象有否作出令人滿意的安排，用以探討、揀選和評估其推行政策的方法；
（二）有權查核有關審計對象對既定的政策目標是否已明確界定；其後就推行政策所作的決定，是否符合核准的目標並由適當階層的人員運用適當權力作出；向執行人員發出的指示，是否符合核准的政策目標和決定，並為有關人員清楚了解；
（三）有權查核有關審計對象的各項不同政策目標，以及所選用的推行辦法，是否有衝突或可能有衝突；
（四）有權查核有關審計對象在將政策目標演繹為行動目標和成效標準方面，進展和效用如何;查核有關審計對象有否考慮其他服務水平成本及其他有關因素，以及在成本變動時加以檢討。
五、協助研究及訂定年度活動計劃，尤其是訂立及檢討“衡工量值式審計”項目的立項計劃。
六、提交各個審計項目的審計報告。
七、根據上級指示，可向被特許人進行審計監督或衡工量值式的審計監督。
第二審計局的權限為：
一、接收由財政局局長送交的澳門特別行政區的總帳目及各項週年帳表，對其進行審核。
二、透過對所申報的帳目及其他依法可獲得的資料，審核及審計澳門特別行政區政府非財政自治部門以外的其他審計對象的預算執行情況和決算，及預算外資金的管理和使用情況。
三、透過專項審計，對澳門特別行政區政府非財政自治部門以外的其他審計對象在執行職務時所達到的節省程度、效率和效益進行審查。
四、提交對澳門特別行政區總帳目及其各項週年帳表的年度審計報告。
五、第六條第二款、第四款、第五款、第六款及第七款適用。
一、為執行第六條及第七條所賦予的權限，第一審計局及第二審計局分別設立高級審計師和審計師以協助首席審計師的工作。
二、高級審計師的權限為：
（一）在首席審計師的領導及授權下，根據年度活動計劃內確定的審計項目成立專項小組，獨立開展審計工作；
（二）指導專項小組內成員的工作，並給予必要的指示；
（三）撰寫審計報告；
（四）提交短期至中期的審計活動計劃的建議；
（五）協助開展審計署的內部培訓工作。
三、審計師的權限為：
（一）在首席審計師的直接領導及授權下，執行上款（一）至（三）項及（五）項所指的權限；
（二）協助高級審計師開展專項小組的審計工作。
一、為開展暫時性的特別項目，得設立項目組。
二、項目組主管負責指導及協調由項目組開展的工作。
三、項目組的範圍、標的、執行期間、預算備付及項目組主管的報酬，均由行政長官訂定。
審計署部門的財政制度等同自治實體的財政制度，具本身的預算。
* 已更改 第17/2000號行政法規
一、審計署部門的收入包括：
（一）澳門特別行政區總預算的配備撥款；
（二）歷年管理的結餘；
（三）本身手存現金之利息；
（四）轉讓本身資產的所得；
（五）法律確認的其他收入。
二、經行政長官許可後，審計署部門方可將流動款項資本化。
一、審計署部門的開支為：
（一）與其運作有關的負擔，尤其是在人員、資產及勞務的取得、轉移、其他經常性開支及資本性開支等；
（二）有關屬行政當局負擔而須轉送退休基金會、社會保障基金或其他福利機構的退休金及撫卹金的每月供款。
二、審計長權限內的開支許可限額由行政長官以批示訂定。
財產由審計署執行其職責時所取得的資產及權利的整體所組成。
一、審計署可設助理審計長一名。
二、助理審計長由審計長提名並報請行政長官任免。
三、任免應在《澳門特別行政區公報》內公佈。
四、助理審計長報酬相當於為審計長而定者百分之七十，並享有給予機關局長（第二欄）的其他權利與優惠。
五、助理審計長得在六十天前，以書面方式通知審計長辭去本身職務。
審計署部門的人員配備載於本行政法規的附件一，而該附件為本行政法規的組成部份。
本行政法規規定的制度適用於審計署部門人員，而公職的一般制度連同為外聘人員制定的特別條件亦補充適用於審計署部門的人員。
一、第四條第一款所指的首席審計師等同於局長（第二欄）。
二、第八條第一款所指的高級審計師等同於廳長，而審計師等同於處長，並以定期委任制度方式任命。
三、上述所指的官職，應在具適當專業資歷及經驗的人員中甄選聘用。
一、除主管職級外，審計署部門中屬於第一審計局及第二審計局的人員，及根據澳門特別行政區第11/1999號法律第二十一條規定按臨時安排制度工作而服務於上述兩個部門之人員，在進行“衡工量值式審計”項目時，得按其有關基礎薪俸的點數計算，另收取透過審計長的批示而訂定的，至其基礎薪俸的數額20%的酬勞，但不得與其他酬勞或超時工作補助兼併收取。
二、上款所指制度包括的人員，不得以受僱或非受僱之形式從事其他有報酬的職業。
一、澳門特別行政區公共行政當局的公務員或服務人員得以定期委任、借調或派駐等方式在審計署部門任職。
二、以借調或派駐的方式在審計署部門工作的人員，不受十二月二十一日第87/89/M號法令通過的《澳門公共行政工作人員通則》第三十三條及第三十四條所規定的任職期限約束。
處於退休狀況的人員如被委任在審計署部門任職時，僅可根據第十八條第一款的規定收取酬勞，但須遵守同條第二款的規定。
審計署部門的標誌載於本行政法規之附件二，而該附件為本行政法規的組成部份。
根據澳門特別行政區第11/1999號法律第二十六條規定的特別身份證的名稱及式樣載於本行政法規之附件三，而該附件為本行政法規的組成部份。
預算在審計署部門的執行預算方面的權限，由審計長行使。
在審計署部門的預算開始生效前，因本行政法規的施行而引致的負擔，由財政局從各項撥款中調配款項予以支付。
本行政法規自一九九九年十二月二十日起生效。
一九九九年十二月二十日制定。
命令公佈。
行政長官
何厚鏵
| 人員組別 | 級別 | 官職及職程 | 職位數目 |
| 主管 | 局長 | 1 | |
| 廳長 | 1 | ||
| 處長 | 3 | ||
| 首席審計師 | 2 | ||
| 高級審計師 | 4 | ||
| 審計師 | 6 | ||
| 高級技術員 | 9 | 高級技術員 | 29 |
| 技術員 | 8 | 技術員 | 1 |
| 翻譯 | — | 翻譯員 | 1 |
| 專業技術 | 7 | 技術輔導員 | 4 |
| 5 | 助理技術員 | 12 | |
| 行政 | 5 | 行政文員 | 2 |
| 總數 | 66 |
一、特別身份證的名稱為“審計證”。
二、式樣一為審計長及助理審計長專用，式樣二為其他審計署人員使用。
三、證件預先印有中文及葡文，並應填寫權利人的姓名及以中、葡文寫上所擔任的職務。
四、證件為白色，為B8尺寸（88毫米X62毫米）。
五、式樣一證件的有效要件為行政長官的簽名及在相片左下角蓋上行政長官辦公室的鋼印。
六、式樣二證件的有效要件為審計長或其法定代任人的簽名及在相片左下角蓋上審計署部門的鋼印。
七、證件在其權利人行使職能期間有效。
八、應在獨立的登記冊將所有發出的證件作成列表，並須特別載明登記編號、證件式樣、權利人姓名、有關官職／職級和發出日期。
九、證件所載資料有任何修改時，應予以更換。權利人確定或暫時終止行使其職能時，必須將證件交還有關部門。
十、證件如有遺失、損壞或破爛，應予以補發，但須在證記簿冊中作明確記錄，並保存與原證件同一的編號。
